Domain Interaction Graph Guided ExploreR (DIGGER) integriert Protein-Protein-Interaktionen und Domäne-Domäne-Interaktionen in einen gemeinsamen Graphen und ordnet interagierende Reste den Exons zu. DIGGER ermöglicht es Benutzern, Exons oder Isoformen einzeln oder als Set abzufragen, um deren Interaktionen visuell zu untersuchen.

Zur Bekämpfung der COVID-19-Pandemie kann Drug Repurposing ein hilfreicher Ansatz sein, weil es die Möglichkeit bietet, alternative Anwendungsgebiete für bereits zugelassene Medikamente zu finden. CoVex ist die erste netzwerk- und systemmedizinische Online-Datenanalyseplattform, die Virus-Mensch-Interaktionsdaten für SARS-CoV-2 und SARS-CoV integriert. Sie ist als interaktives Webtool verfügbar.

sPLINK (safe PLINK) ermöglicht die vereinigte, datenschutzkonforme Analyse von GWAS-Daten. Es arbeitet mit verbreiteten Datensätzen ohne Austausch von Rohdaten und ist robust gegenüber unausgewogenen Phänotypverteilungen über Kohorten hinweg. Die vereinigte und benutzerfreundliche Analyse mit sPLINK hat somit das Potenzial, die Meta-Analyse als Goldstandard für kollaborative GWAS abzulösen.

BiCoN ist ein leistungsfähiges neues Werkzeug der Systemmedizin, um Patienten zu unterteilen und gleichzeitig die verantwortlichen Krankheitsmechanismen aufzuklären. BiCoN ist ein netzwerkbeschränkter Biclustering-Ansatz, der Bicluster auf funktionell verwandte Gene beschränkt, die in molekularen Interaktionsnetzwerken verbunden sind, und den Expressionsunterschied zwischen zwei Untergruppen von Patienten maximiert. Ein Paket für netzwerkbeschränktes Biclustering von Patienten und Multi-omics-Daten kann ebenfalls verwendet werden.

Scellnetor ist ein neuartiges scRNA-seq Clustering-Tool. Es ermöglicht die Analyse von Pseudo-Zeitverläufen in Einzelzellsequenzierungsdaten über einen netzwerkbeschränkten Clustering-Algorithmus. Scellnetor ist als interaktive Online-Anwendung auf der Scellnetor-Website verfügbar.

EpiGEN ist eine Python-Pipeline zur Simulation von Epistasendaten. Sie unterstützt Epistasismodelle beliebiger Größe, die entweder erweiterbar oder über parametrisierte Risikomodelle spezifiziert werden können. Darüber hinaus kann der Benutzer die minor allele frequencies (MAFs) sowohl der Rausch- als auch der Krankheits-SNPs spezifizieren und eine Bias-Zielverteilung für die generierten Phänotypen angeben, um Beobachtungsbias zu simulieren. EpiGEN ist als Python 3-Paket auf GitHub frei verfügbar.

Fastlogranktest

Fastlogranktest ist ein Softwarepaket, das superschnelle Implementierungen des Logrank-Tests in C++, R und Python bereitstellt.