Seminar Data Science in Biomedicine BSc
Organisatorisches
- Organisation: Prof. Dr. Tim Kacprowski
- max. Teilnehmerzahl: 10
- Leistungspunkte: 5LP
- Scheinerwerb: erfolgreicher Seminarvortrag, schriftliche Ausarbeitung (Handout), Teilnahme an allen Vortragsveranstaltungen und aktive Beteiligung an den Diskussionen
- Anmeldung: Bitte auf die zentrale Seminarplatzvergabe achten!
- Bitte prüfen Sie, ob Sie sich in Ihrem Prüfungsamt anmelden müssen. Ihre Anmeldung am Institut oder über das elektronische Anmeldeverfahren wird nicht automatisch an Ihr Prüfungsamt weitergeleitet. In einigen Studiengängen ist eine schriftliche Anmeldung der Seminarteilnahme beim Prüfungsamt erforderlich. Die verbindliche Anmeldung erfolgt in der Einführungsveranstaltung (Kick-Off). Eine Abmeldung ist danach nur noch bis zum XX.XX.XXXX möglich!
Ablauf
Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der biomedizinischen Datenwissenschaften vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Die Teilnahme an allen Seminarvorträgen sowie die aktive Beteiligung in der Diskussion ist Voraussetzung für den Scheinerwerb.
| Zeit | Ort | |
|---|---|---|
| 10.11.21 (Mi) 15:00 - 16:30 | BRICS, Seminarräume EG | Einführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht! |
| TBD | TBD | Hinweise Paperlesen und Vorträge |
| TBD | per Email an Betreuer*in | Abgabe Handoutentwurf |
| TBD | per Email an Betreuer*in | Abgabe Präsentationsentwurf |
| TBD | per Email an Betreuer*in | Abgabe Handout |
| TBD | per Email an Betreuer*in | Abgabe Präsentation |
| 11.02.22 (Di) 11:00 - 15:15 | https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Präsentationen der Seminararbeiten |
Präsentationsplan
| Zeitslot | Thema | Vortragende*r |
|---|---|---|
| 11:00 - 11:45 | Machine learning and structural analysis of Mycobacterium tuberculosis pan-genome identifies genetic signatures of antibiotic resistance. | Tobias Thie |
| 11:45 - 12:30 | Mutual anticipation can contribute to self-organization in human crowds. | Yusuf Sahin |
| 13:00 - 13:45 | Can Sex Improve Nasal Function?-An Exploration of the Link Between Sex and Nasal Function. | Awaz Mired |
| 13:45 - 14:30 | Obesity of politicians and corruption in post‐Soviet countries. | Mahije Sejdiu |
| 14:30 - 15:15 | Multimodal MRI-based classification of migraine: using deep learning convolutional neural network. | Samuel Gouret |
Seminarthemen
Jedes Seminarthema wird von einer unserer wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen betreut. Diese Mitarbeiterin ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages, nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen. Nutzen Sie diese Möglichkeit und nehmen Sie bei Fragen oder Unsicherheiten Kontakt auf!
| Thema | Betreuer | |
|---|---|---|
| 1 | Blavatskyy P. Obesity of politicians and corruption in post‐Soviet countries. Economics of Transition and Institutional Change. 2021 Apr;29(2):343–56. | Lisa-Marie Bente |
| 2 | Mulrennan JA, Grothaus RH, Hammond CL, Lamdin JM. A New Method of Cockroach Control on Submarines12. J Econ Entomol. 1971 Oct 15;64(5):1196–8. | Lisa-Marie Bente |
| 3 | Beseris EA, Naleway SE, Carrier DR. Impact Protection Potential of Mammalian Hair: Testing the Pugilism Hypothesis for the Evolution of Human Facial Hair. Integr Org Biol. 2020 Apr 15;2(1):obaa005. | Lisa-Marie Bente |
| 4 | Murakami H, Feliciani C, Nishiyama Y, Nishinari K. Mutual anticipation can contribute to self-organization in human crowds. Sci Adv [Internet]. 2021 Mar;7(12). Available from: http://dx.doi.org/10.1126/sciadv.abe7758 | Tim Kacprowski |
| 5 | Bulut OC, Oladokun D, Lippert BM, Hohenberger R. Can Sex Improve Nasal Function?-An Exploration of the Link Between Sex and Nasal Function. Ear Nose Throat J. 2021 Jan 4;145561320981441. | Tim Kacprowski |
| 6 | Satari L, Guillén A, Vidal-Verdú À, Porcar M. The wasted chewing gum bacteriome. Sci Rep. 2020 Oct 8;10(1):16846. | Tim Kacprowski |
| 7 | Stönner C, Edtbauer A, Derstroff B, Bourtsoukidis E, Klüpfel T, Wicker J, et al. Proof of concept study: Testing human volatile organic compounds as tools for age classification of films. PLoS One. 2018 Oct 11;13(10):e0203044. | Tim Kacprowski |
| 8 | Chen K-T, Dwyer T, Marriott K, Bach B. DoughNets: Visualising Networks Using Torus Wrapping. In: Proceedings of the 2020 CHI Conference on Human Factors in Computing Systems. New York, NY, USA: Association for Computing Machinery; 2020. p. 1–11. (CHI ’20). | Tim Kacprowski |
| 9 | Cordeil M, Cunningham A, Bach B, Hurter C, Thomas BH, Marriott K, et al. IATK: An Immersive Analytics Toolkit [Internet]. 2019 IEEE Conference on Virtual Reality and 3D User Interfaces (VR). 2019. Available from: http://dx.doi.org/10.1109/vr.2019.8797978 | Tim Kacprowski |
| 10 | Yoghourdjian V, Dwyer T, Klein K, Marriott K, Wybrow M. Graph Thumbnails: Identifying and Comparing Multiple Graphs at a Glance. IEEE Trans Vis Comput Graph. 2018 Dec;24(12):3081–95. | Tim Kacprowski |
| 11 | Brbić M, Zitnik M, Wang S, Pisco AO, Altman RB, Darmanis S, et al. MARS: discovering novel cell types across heterogeneous single-cell experiments. Nat Methods. 2020 Dec;17(12):1200–6. | Gihanna Galindez |
| 12 | Bauer T, Eils R, König R. RIP: the regulatory interaction predictor—a machine learning-based approach for predicting target genes of transcription factors. Bioinformatics. 2011 Jun 20;27(16):2239–47. | Gihanna Galindez |
| 13 | Dashti HS, Cade BE, Stutaite G, Saxena R, Redline S, Karlson EW. Sleep health, diseases, and pain syndromes: findings from an electronic health record biobank. Sleep [Internet]. 2021 Mar 12;44(3). Available from: http://dx.doi.org/10.1093/sleep/zsaa189 | Gihanna Galindez |
| 14 | Cao Z-H, Ko L-W, Lai K-L, Huang S-B, Wang S-J, Lin C-T. Classification of migraine stages based on resting-state EEG power. In: 2015 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN). ieeexplore.ieee.org; 2015. p. 1–5. | Lisa-Marie Bente |
| 15 | Morales DA, Vives-Gilabert Y, Gómez-Ansón B, Bengoetxea E, Larrañaga P, Bielza C, et al. Predicting dementia development in Parkinson’s disease using Bayesian network classifiers. Psychiatry Res. 2013 Aug 30;213(2):92–8. | Lisa-Marie Bente |
| 16 | Sarica A, Cerasa A, Quattrone A. Random Forest Algorithm for the Classification of Neuroimaging Data in Alzheimer’s Disease: A Systematic Review. Front Aging Neurosci. 2017 Oct 6;9:329. | Lisa-Marie Bente |
Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen sind u.U. folgende Dokumente hilfreich:
- Anleitung Zitierweise kurz
- Anleitung Zitierweise ausführlich
- Hilfestellung für die Bewertung der wissenschaftlichen Qualität einer Arbeit - A Systematic Guide to Reviewing a Manuscript - Appendix 1
Recherche-Möglichkeiten
In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihre Betreuerin diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.
FAQ
- Frage: Wenn ich es nicht schaffe etwas zur ersten Abgabe abzugeben, falle ich dann durch?
Antwort: Formal sind Sie dann noch nicht durchgefallen. Aber die Abgabe geht natürlich in die Endnote ein und Ihre Betreuerin kann Sie nur unterstützen, wenn Sie sie lassen. Vortrag und Ausarbeitung profitieren i.d.R. merklich von der Rückmeldung der Betreuerin. Es sollte daher unbedingt vermieden werden, die erste Abgabe zu verpassen. - Frage: Darf ich meine Betreuerin auch vor der Abgabe um Feedback bitten oder Fragen stellen?
Antwort: Ja, unbedingt! Die Ausarbeitungen und Vorträge profitieren davon üblicherweise sehr. Selbstständig zu arbeiten, heißt nicht, dass man die Betreuerin nicht kontaktieren dürfte. - Im Fall einer Präsenzveranstaltung - Frage: Darf ich im Vortrag meinen eigenen Laptop verwenden?
Antwort: Ja, selbstverständlich. Die technischen Möglichkeiten vor Ort klären Sie aber bitte im Vorhinein mit uns ab. Alle Vortragenden sind bitte mindestens 15 Minuten vor Beginn der Veranstaltung anwesend um spätestens dann die Technik zu testen! Wer auf Nummer sicher gehen will, hat natürlich die Möglichkeit auch schon an einem anderen Tag die Technik zu testen. - Frage: Wie wird meine Arbeit bewertet?
Antwort: Grundsätzlich gibt es keine feste Formel für die Bewertung, da dies nicht zielführend wäre. Der Vortrag ist die wichtigste Leistung. Ebenfalls berücksichtigt werden jedoch die Diskussionsbeteiligung bei den Vortragsveranstaltungen und das Handout. Weiterhin achten wir auf eine selbständige Arbeitsweise. - Frage: Kann ich die Ausarbeitung auch auf Englisch schreiben und muss dann auch die Präsentation auf Englisch sein?
Antwort: Ja, kein Problem. Wir wollen Sie sogar sehr dazu ermutigen, sowohl Ihr Handout wie auch Ihren Vortrag in Englisch zu halten. Englisch ist die vorherrschende Wissenschaftssprache und Sie werden Ihre Arbeit später hauptsächlich in Englisch kommunizieren. Nutzen Sie die Gelegenheit dies jetzt schon zu üben. - Frage: In welcher Form, bis wann und bei wem muss die schriftliche Ausarbeitung abgegeben werden?
Antwort: Nutzen Sie bitte die in der Kick-Off Veranstaltung abgesprochene Möglichkeit zum Hochladen Ihrer Arbeit im Stud.IP. Sämtliche Abgaben haben bis zum Stichtag 23:59 CET zu erfolgen. - Frage: Darf ich Bilder aus meinem Paper in meine Ausarbeitung übernehmen?
Antwort: Ja, das sollten Sie sogar, sogern die Bilder passen. Ergänzen Sie auch gerne Abbildungen aus anderen Quellen. Korrekte Bildnachweise sind dabei natürlich Pflicht.