Seminar Systemmedizin für Masterstudierende

Vorlesung

Seminar Systemmedizin für Masterstudierende WiSe 2020/21


Lehrveranstaltung:

Seminar Systemmedizin für Masterstudierende [4217053]

Dozent(in):

Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30

Erster Termin:

Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, Ort: (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h),

Stud.IP-Link

Seminar Systemmedizin für Masterstudierende

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: 1. Sadegh S, Matschinske J, Blumenthal DB, Galindez G, Kacprowski T, List M, et al. Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing. Nat Commun [Internet]. 2020 Dec;11(1):3518. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-17189-2

2. Larsen SJ, Schmidt HHHW, Baumbach J. De Novo and Supervised Endophenotyping Using Network-Guided Ensemble Learning. Syst Med [Internet]. 2020 Jan;3(1):8?21. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2019.0008

3. Wiwie C, Kuznetsova I, Mostafa A, Rauch A, Haakonsson A, Barrio-Hernandez I, et al. Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets. Syst Med [Internet]. 2019 May;2(1):1?9. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2018.0013

4. Aguirre-Plans J, Piñero J, Sanz F, Furlong LI, Fernandez-Fuentes N, Oliva B, et al. GUILDify v2.0: A Tool to Identify Molecular Networks Underlying Human Diseases, Their Comorbidities and Their Druggable Targets. J Mol Biol [Internet]. 2019 Jun;431(13):2477?84. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283619301172

5. Pai S, Hui S, Isserlin R, Shah MA, Kaka H, Bader GD. netDx: interpretable patient classification using integrated patient similarity networks. Mol Syst Biol [Internet]. 2019 Mar;15(3):1?11. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.15252/msb.20188497

6. Langhauser F, Casas AI, Dao V-T-V, Guney E, Menche J, Geuss E, et al. A diseasome cluster-based drug repurposing of soluble guanylate cyclase activators from smooth muscle relaxation to direct neuroprotection. npj Syst Biol Appl [Internet]. 2018 Dec;4(1):8. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41540-017-0039-7

7. Silberberg Y, Kupiec M, Sharan R. GLADIATOR: a global approach for elucidating disease modules. Genome Med [Internet]. 2017 Dec;9(1):48. Available from: http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0435-z

8. Ghiassian SD, Menche J, Chasman DI, Giulianini F, Wang R, Ricchiuto P, et al. Endophenotype Network Models: Common Core of Complex Diseases. Sci Rep [Internet]. 2016 Jun;6(1):27414. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/srep27414

9. Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al. Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome. Science (80- ) [Internet]. 2015 Feb;347(6224):1257601. Available from: https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.1257601

10. Ghiassian SD, Menche J, Barabási A. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome. Rzhetsky A, editor. PLOS Comput Biol [Internet]. 2015 Apr;11(4):e1004120. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1004120

11. Chmiel A, Klimek P, Thurner S. Spreading of diseases through comorbidity networks across life and gender. New J Phys [Internet]. 2014 Nov;16(11):115013. Available from: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/16/11/115013



Übung

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Lehrveranstaltung:

Seminar Systemmedizin für Masterstudierende [4217053]

Dozent(in):

Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30

Erster Termin:

Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, Ort: (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h),

Stud.IP-Link

Seminar Systemmedizin für Masterstudierende

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: 1. Sadegh S, Matschinske J, Blumenthal DB, Galindez G, Kacprowski T, List M, et al. Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing. Nat Commun [Internet]. 2020 Dec;11(1):3518. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-17189-2

2. Larsen SJ, Schmidt HHHW, Baumbach J. De Novo and Supervised Endophenotyping Using Network-Guided Ensemble Learning. Syst Med [Internet]. 2020 Jan;3(1):8?21. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2019.0008

3. Wiwie C, Kuznetsova I, Mostafa A, Rauch A, Haakonsson A, Barrio-Hernandez I, et al. Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets. Syst Med [Internet]. 2019 May;2(1):1?9. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2018.0013

4. Aguirre-Plans J, Piñero J, Sanz F, Furlong LI, Fernandez-Fuentes N, Oliva B, et al. GUILDify v2.0: A Tool to Identify Molecular Networks Underlying Human Diseases, Their Comorbidities and Their Druggable Targets. J Mol Biol [Internet]. 2019 Jun;431(13):2477?84. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283619301172

5. Pai S, Hui S, Isserlin R, Shah MA, Kaka H, Bader GD. netDx: interpretable patient classification using integrated patient similarity networks. Mol Syst Biol [Internet]. 2019 Mar;15(3):1?11. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.15252/msb.20188497

6. Langhauser F, Casas AI, Dao V-T-V, Guney E, Menche J, Geuss E, et al. A diseasome cluster-based drug repurposing of soluble guanylate cyclase activators from smooth muscle relaxation to direct neuroprotection. npj Syst Biol Appl [Internet]. 2018 Dec;4(1):8. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41540-017-0039-7

7. Silberberg Y, Kupiec M, Sharan R. GLADIATOR: a global approach for elucidating disease modules. Genome Med [Internet]. 2017 Dec;9(1):48. Available from: http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0435-z

8. Ghiassian SD, Menche J, Chasman DI, Giulianini F, Wang R, Ricchiuto P, et al. Endophenotype Network Models: Common Core of Complex Diseases. Sci Rep [Internet]. 2016 Jun;6(1):27414. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/srep27414

9. Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al. Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome. Science (80- ) [Internet]. 2015 Feb;347(6224):1257601. Available from: https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.1257601

10. Ghiassian SD, Menche J, Barabási A. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome. Rzhetsky A, editor. PLOS Comput Biol [Internet]. 2015 Apr;11(4):e1004120. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1004120

11. Chmiel A, Klimek P, Thurner S. Spreading of diseases through comorbidity networks across life and gender. New J Phys [Internet]. 2014 Nov;16(11):115013. Available from: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/16/11/115013



Organisatorisches

Ablauf

Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der Systemmedizin vorstellen und kritisch diskutieren. Zu diesem Zweck erstellen Sie zunächst ein 1-2 Seiten umfassendes schriftliches Gutachten des Papers. Sie haben die Möglichkeit ihre Arbeit weiterhin zu verbessern, insbesondere unter Berücksichtigung des Feedbacks durch den Betreuer. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Damit auch eine Diskussion entstehen kann, ist die Teilnahme an allen Seminarvorträgen Voraussetzung für den Scheinerwerb.

ZeitOrt
22.10.2020 at 14:00 Uhronline:https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72hEinführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht!
17.11.2020 15:00onlineErklärung zur Erstellung des Gutachtens
15.01.2021Abgabe Handoutentwurf
15.01.2021Abgabe Präsentationsentwurf
01.02.2021Abgabe Handout
01.02.2021Abgabe Gutachten
05.02.2021 14:00onlinePräsentationen der Seminararbeiten

Seminarthemen

Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages. Nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen! Die Themen sind bei den Stud.IP Angaben als Literatur gelistet.

Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen helfen Ihnen die folgenden Dokumente:

Gerne können Sie eigene Vorlagen für Ihre schriftliche Ausarbeitung und Ihren Vortrag verwenden. Beachten Sie aber in jedem Fall die formalen Anforderungen, die in der Anleitung zum Erstellen wissenschaftlicher Arbeiten zu finden sind.

Recherche-Möglichkeiten

In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.

FAQ