Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende
Vorlesung
Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende WiSe 2020/21
Lehrveranstaltung: | Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende [4217052] |
|---|---|
Dozent(in): | Prof. Dr. Tim Kacprowski |
Typ der Lehrveranstaltung: | Seminar (Lehre) |
Veranstaltungstermine: | Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30 |
Erster Termin: | Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h) |
Stud.IP-Link |
Inhalt:
Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.
Literatur: 1. Pearson TA. How to Interpret a Genome-wide Association Study. JAMA [Internet]. 2008 Mar 19;299(11):1335. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18349094
2. Blumenthal DB, Viola L, List M, Baumbach J, Tieri P, Kacprowski T. EpiGEN: an epistasis simulation pipeline. Schwartz R, editor. Bioinformatics [Internet]. 2020 Apr 14;2?4. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa245/5820008
3. Coombes BJ, Biernacka JM. A principal component approach to improve association testing with polygenic risk scores. bioRxiv [Internet]. 2019;(May):847020. Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/847020v1.abstract?%3Fcollection=
4. Xue H, Wu C, Pan W. Leveraging existing GWAS summary data of genetically correlated and uncorrelated traits to improve power for a new GWAS. Genet Epidemiol [Internet]. 2020 Jul 16;(November 2019):gepi.22333. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/gepi.22333
5. Ellinghaus D, Degenhardt F, Bujanda L, Buti M, Albillos A, Invernizzi P, et al. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N Engl J Med [Internet]. 2020 Jun 17;NEJMoa2020283. Available from: http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2020283
6. Azencott C-A, Grimm D, Sugiyama M, Kawahara Y, Borgwardt KM. Efficient network-guided multi-locus association mapping with graph cuts. Bioinformatics [Internet]. 2013 Jul;29(13):i171?9. Available from: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/doi/10.1093/bioinformatics/btt238
7. Lancour D, Naj A, Mayeux R, Haines JL, Pericak-Vance MA, Schellenberg GD, et al. One for all and all for One: Improving replication of genetic studies through network diffusion. Barsh GS, editor. PLOS Genet [Internet]. 2018 Apr 23;14(4):e1007306. Available from: http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007306
8. Yilmaz S, Tastan O, Cicek AE. SPADIS: An Algorithm for Selecting Predictive and Diverse SNPs in GWAS. bioRxiv [Internet]. 2018;256677. Available from: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/26/256677
9. Arnold M, Hartsperger ML, Baurecht H, Rodríguez E, Wachinger B, Franke A, et al. Network-based SNP meta-analysis identifies joint and disjoint genetic features across common human diseases. BMC Genomics [Internet]. 2012 Jan;13(1):490. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3782362
10. Llinares-López F, Papaxanthos L, Bodenham D, Roqueiro D, Borgwardt K. Genome-wide genetic heterogeneity discovery with categorical covariates. Kelso J, editor. Bioinformatics [Internet]. 2017 Jun 15;33(12):1820?8. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/12/1820/2995817
11. Moore JH, Asselbergs FW, Williams SM. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies. Bioinformatics [Internet]. 2010 Feb 15;26(4):445?55. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2820680
Übung
Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende WiSe 2020/21
Lehrveranstaltung: | Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende [4217052] |
|---|---|
Dozent(in): | Prof. Dr. Tim Kacprowski |
Typ der Lehrveranstaltung: | Seminar (Lehre) |
Veranstaltungstermine: | Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30 |
Erster Termin: | Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h) |
Stud.IP-Link |
Inhalt:
Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.
Literatur: 1. Pearson TA. How to Interpret a Genome-wide Association Study. JAMA [Internet]. 2008 Mar 19;299(11):1335. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18349094
2. Blumenthal DB, Viola L, List M, Baumbach J, Tieri P, Kacprowski T. EpiGEN: an epistasis simulation pipeline. Schwartz R, editor. Bioinformatics [Internet]. 2020 Apr 14;2?4. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa245/5820008
3. Coombes BJ, Biernacka JM. A principal component approach to improve association testing with polygenic risk scores. bioRxiv [Internet]. 2019;(May):847020. Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/847020v1.abstract?%3Fcollection=
4. Xue H, Wu C, Pan W. Leveraging existing GWAS summary data of genetically correlated and uncorrelated traits to improve power for a new GWAS. Genet Epidemiol [Internet]. 2020 Jul 16;(November 2019):gepi.22333. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/gepi.22333
5. Ellinghaus D, Degenhardt F, Bujanda L, Buti M, Albillos A, Invernizzi P, et al. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N Engl J Med [Internet]. 2020 Jun 17;NEJMoa2020283. Available from: http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2020283
6. Azencott C-A, Grimm D, Sugiyama M, Kawahara Y, Borgwardt KM. Efficient network-guided multi-locus association mapping with graph cuts. Bioinformatics [Internet]. 2013 Jul;29(13):i171?9. Available from: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/doi/10.1093/bioinformatics/btt238
7. Lancour D, Naj A, Mayeux R, Haines JL, Pericak-Vance MA, Schellenberg GD, et al. One for all and all for One: Improving replication of genetic studies through network diffusion. Barsh GS, editor. PLOS Genet [Internet]. 2018 Apr 23;14(4):e1007306. Available from: http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007306
8. Yilmaz S, Tastan O, Cicek AE. SPADIS: An Algorithm for Selecting Predictive and Diverse SNPs in GWAS. bioRxiv [Internet]. 2018;256677. Available from: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/26/256677
9. Arnold M, Hartsperger ML, Baurecht H, Rodríguez E, Wachinger B, Franke A, et al. Network-based SNP meta-analysis identifies joint and disjoint genetic features across common human diseases. BMC Genomics [Internet]. 2012 Jan;13(1):490. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3782362
10. Llinares-López F, Papaxanthos L, Bodenham D, Roqueiro D, Borgwardt K. Genome-wide genetic heterogeneity discovery with categorical covariates. Kelso J, editor. Bioinformatics [Internet]. 2017 Jun 15;33(12):1820?8. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/12/1820/2995817
11. Moore JH, Asselbergs FW, Williams SM. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies. Bioinformatics [Internet]. 2010 Feb 15;26(4):445?55. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2820680
Organisatorisches
- Organisation: Prof. Dr. Tim Kacprowski
- max. Teilnehmerzahl: 11
- Leistungspunkte: 5LP
- Scheinerwerb: erfolgreicher Seminarvortrag, schriftliche Ausarbeitung, Teilnahme an allen Vortragsveranstaltungen
- Anmeldung: Bitte auf die allgemeine Seminarplatzvergabe achten! (09.07. bis 30.07.2020 im Stud.IP)
- Bitte prüfen Sie, ob Sie sich in Ihrem Prüfungsamt anmelden müssen. Ihre Anmeldung am Institut oder über das elektronische Anmeldeverfahren wird nicht automatisch an Ihr Prüfungsamt weitergeleitet. In einigen Studiengängen ist eine schriftliche Anmeldung der Seminarteilnahme beim Prüfungsamt erforderlich. Die verbindliche Anmeldung erfolgt in der Einführungsveranstaltung (Kick-Off). Eine Abmeldung ist danach nur noch bis zum 02.11.2020 möglich!
Ablauf
Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der genetischen Epidemiologie vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Damit auch eine Diskussion entstehen kann, ist die Teilnahme an allen Seminarvorträgen Voraussetzung für den Scheinerwerb.
| Zeit | Ort | |
|---|---|---|
| 22.10.2020 at 14:00 Uhr | online:https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h | Einführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht! |
| 15.01.2021 | Abgabe Handoutentwurf | |
| 15.01.2021 | Abgabe Präsentationsentwurf | |
| 01.02.2021 | Abgabe Handout | |
| 05.02.2021 14:00 | online | Präsentationen der Seminararbeiten |
Seminarthemen
Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages. Nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen! Die Themen sind bei den Stud.IP Angaben als Literatur gelistet.
Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen helfen Ihnen die folgenden Dokumente:
- Powerpoint-Vorlage PLRI-Design
- Anleitung Zitierweise kurz
- Anleitung Zitierweise ausführlich
- Hilfestellung für die Bewertung der wissenschaftlichen Qualität einer Arbeit - A Systematic Guide to Reviewing a Manuscript - Appendix 1
Gerne können Sie eigene Vorlagen für Ihre schriftliche Ausarbeitung und Ihren Vortrag verwenden. Beachten Sie aber in jedem Fall die formalen Anforderungen, die in der Anleitung zum Erstellen wissenschaftlicher Arbeiten zu finden sind.
Recherche-Möglichkeiten
In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.
FAQ
- Frage: Wenn ich es nicht schaffe etwas zur ersten Abgabe abzugeben, falle ich dann durch?
Antwort: Formal sind Sie dann noch nicht durchgefallen. Aber die Abgabe geht natürlich in die Endnote ein und Ihr Betreuer kann Sie nur unterstützen, wenn Sie ihn lassen. Vortrag und Ausarbeitung profitieren i.d.R. merklich von der Rückmeldung des Betreuers. Es sollte daher unbedingt vermieden werden, die erste Abgabe zu verpassen. - Frage: Darf ich meinen Betreuer auch vor der Abgabe um Feedback bitten oder Fragen stellen?
Antwort: Ja, unbedingt! Die Ausarbeitungen und Vorträge profitieren davon üblicherweise sehr. Selbstständig zu arbeiten, heißt nicht, dass man den Betreuer nicht kontaktieren dürfte. - Frage: Darf ich im Vortrag meinen eigenen Laptop verwenden?
Antwort: Ja, selbstverständlich. Unser Beamer hat Anschlusskabel für VGA und HDMI. Eventuell nötige Adapter etc. sind vom Student selbst mitzubringen. Ein Presenter (USB) ist vorhanden. Alle Vortragenden sind bitte mindestens 15 Minuten vor Beginn der Veranstaltung anwesend um spätestens dann die Technik zu testen! Wer auf Nummer sicher gehen will, hat natürlich die Möglichkeit auch schon an einem anderen Tag die Technik zu testen. - Frage: Wie wird meine Arbeit bewertet?
Antwort: Grundsätzlich gibt es keine feste Formel für die Bewertung, da dies nicht zielführend wäre. Der Vortrag ist die wichtigste Leistung, gefolgt von den Ausarbeitungen. Die Diskussionsbeteiligung bei den Vortragsveranstaltungen und Endabgabe (Verbesserungschance) werden ebenfalls berücksichtigt. Weiterhin achten wir auf eine selbständige Arbeitsweise. Um Ihnen eine bessere Vorstellung davon zu vermitteln, worauf bei der Bewertung einer Seminararbeit geachtet wird, haben wir Anhaltspunkte für die Bewertung in einer Liste zusammengestellt. - Frage: Kann ich die Ausarbeitung auch auf Englisch schreiben und muss dann auch die Präsentation auf Englisch sein?
Antwort: Ja, kein Problem (sprich aber bitte vorher mit deinem Betreuer). Die Sprache der Ausarbeitungen und der Präsentation sollten übereinstimmen. - Frage: In welcher Form, bis wann und bei wem muss die schriftliche Ausarbeitung abgegeben werden?
Antwort: Das Gutachten wird elektronisch abgegeben. Nutzen Sie bitte die in der Kick-Off Veranstaltung abgesprochene Möglichkeit zum Hochladen Ihrer Arbeit im Stud.IP. Gleiches gilt für den Entwurf und das finale Handout. Sämtliche Abgaben haben bis zum Stichtag 23:59 CET zu erfolgen. - Frage: Darf ich Bilder aus meinem Paper in meine Ausarbeitung übernehmen?
Antwort: Ja. Sinnvolle Abbildungen in die Ausarbeitung und später auch die Präsentation zu übernehmen, ist natürlich erlaubt. Korrekte Bildnachweise sind dabei natürlich Pflicht.