Seminar Data Science in Biomedicine MSc

Vorlesung

Seminar Data Science in Biomedicine (M.Sc.) SoSe 2021


Lehrveranstaltung:

Seminar Data Science in Biomedicine (M.Sc.) [4217064]

Dozent(in):

Prof. Dr. Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Stud.IP-Link

Seminar Data Science in Biomedicine (M.Sc.)

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: wird den Themen entsprechend aktualisiert bekanntgegeben



Organisatorisches

Ablauf

Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der biomedizinischen Datenwissenschaften vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Zusätzlich werden Sie sich in die Rolle eines Gutachters versetzen und ein Gutachten zu dem ausgewählten Paper anfertigen (dieses wird ebenfalls ca. 1 Seite umfassen). Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Die Teilnahme an allen Seminarvorträgen sowie die aktive Beteiligung in der Diskussion ist Voraussetzung für den Scheinerwerb.

ZeitOrt
12.04.21, 14:00 - 15:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naEinführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht!
21.04.21, 16:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naHinweise Paperlesen und Vorträge
21.04.21, 17:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naHinweise Gutachtenerstellung
21.05.21per Email an Betreuer*inAbgabe Handoutentwurf
21.05.21per Email an Betreuer*inAbgabe Präsentationsentwurf
04.06.21per Email an Betreuer*inAbgabe Gutachtenentwurf
25.06.21per Email an Betreuer*inAbgabe Gutachten
09.07.21per Email an Betreuer*inAbgabe Handout
09.07.21per Email an Betreuer*inAbgabe Präsentation
13.-15.07.21online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naPräsentationen der Seminararbeiten
Tue July 13th 14:00 - 14:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naFlorian Köbbe
Tue July 13th 14:45 - 15:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naPhilipp Ehler
Tue July 13th 15:30 - 16:15online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naClemens Raddatz
Tue July 13th 16:15 - 17:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naAymen Ben Aicha
Wed July 14th 09:00 - 09:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naJonas Sitzmann
Wed July 14th 09:45 - 10:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naFalko Schmidt
Wed July 14th 11:15 - 12:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naSakinah Arifin
Thu July 15th 10:00 - 10:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naJana Haupt
Thu July 15th 10:45 - 11:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naMartin Shulevski
Thu July 15th 11:30 - 12:15online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naMarcel Gädke
Thu July 15th 12:15 - 13:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naLeon Kalix

Seminarthemen

Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages, nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen. Nutzen Sie diese Möglichkeit und nehmen Sie bei Fragen oder Unsicherheiten Kontakt auf!

ThemaBetreuer
1Cammarota, G. et al. Gut microbiome, big data and machine learning to promote precision medicine for cancer. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 17, 635–648 (2020)Gihanna Galindez
2Magnin, B. et al. Support vector machine-based classification of Alzheimer’s disease from whole-brain anatomical MRI. Neuroradiology 51, 73–83 (2009)Lisa-Marie Bente
3Mueller, A. J., Canty-Laird, E. G., Clegg, P. D. & Tew, S. R. Cross-species gene modules emerge from a systems biology approach to osteoarthritis. npj Syst. Biol. Appl. 3, 1–14 (2017)Gihanna Galindez
4Muldoon, J. J., Yu, J. S., Fassia, M. K. & Bagheri, N. Network inference performance complexity: A consequence of topological, experimental and algorithmic determinants. Bioinformatics 35, 3421–3432 (2019)Gihanna Galindez
5Nabirotchkin, S. et al. Next-generation drug repurposing using human genetics and network biology. Curr. Opin. Pharmacol. 51, 78–92 (2020)Gihanna Galindez
6Pratapa, A., Jalihal, A. P., Law, J. N., Bharadwaj, A. & Murali, T. M. Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data. Nat. Methods 17, 147–154 (2020)Gihanna Galindez
7Rueda, A. & Krishnan, S. Clustering Parkinson’s and Age-Related Voice Impairment Signal Features for Unsupervised Learning. Adv. Data Sci. Adapt. Anal. 10, 1840007 (2018)Lisa-Marie Bente
8Sheen, G. Wireless Brain Wave Classification for Alzheimer’s Patients via Efficient Neural Network Computation. Adv. Data Sci. Adapt. Anal. 10, 1850004 (2018)Lisa-Marie Bente
9Shen, J. & Gao, S. A Solution to Separation and Multicollinearity in Multiple Logistic Regression. J. Data Sci. 6, 515–531 (2008)Lisa-Marie Bente
10Yan, J., Risacher, S. L., Shen, L. & Saykin, A. J. Network approaches to systems biology analysis of complex disease: Integrative methods for multi-omics data. Brief. Bioinform. 19, 1370–1381 (2017)Gihanna Galindez
11Zhou, Y. et al. A network medicine approach to investigation and population-based validation of disease manifestations and drug repurposing for COVID-19. PLoS Biology vol. 18 (2020)Gihanna Galindez

Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen sind u.U. folgende Dokumente hilfreich:

Recherche-Möglichkeiten

In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.

FAQ