Seminar Data Science in Biomedicine MSc
Vorlesung
Seminar Data Science in Biomedicine (M.Sc.) SoSe 2021
Lehrveranstaltung: | Seminar Data Science in Biomedicine (M.Sc.) [4217064] |
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Dozent(in): | Prof. Dr. Tim Kacprowski |
Typ der Lehrveranstaltung: | Seminar (Lehre) |
Veranstaltungstermine: | |
Stud.IP-Link |
Inhalt:
Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.
Literatur: wird den Themen entsprechend aktualisiert bekanntgegeben
Organisatorisches
- Organisation: Prof. Dr. Tim Kacprowski
- max. Teilnehmerzahl: 10
- Leistungspunkte: 5LP
- Scheinerwerb: erfolgreicher Seminarvortrag, schriftliche Ausarbeitung (Handout und Gutachten), Teilnahme an allen Vortragsveranstaltungen
- Anmeldung: Bitte auf die allgemeine Seminarplatzvergabe achten! (18.01. bis 28.02.2021 im Stud.IP)
- Bitte prüfen Sie, ob Sie sich in Ihrem Prüfungsamt anmelden müssen. Ihre Anmeldung am Institut oder über das elektronische Anmeldeverfahren wird nicht automatisch an Ihr Prüfungsamt weitergeleitet. In einigen Studiengängen ist eine schriftliche Anmeldung der Seminarteilnahme beim Prüfungsamt erforderlich. Die verbindliche Anmeldung erfolgt in der Einführungsveranstaltung (Kick-Off). Eine Abmeldung ist danach nur noch bis zum 26.04.2021 möglich!
Ablauf
Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der biomedizinischen Datenwissenschaften vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Zusätzlich werden Sie sich in die Rolle eines Gutachters versetzen und ein Gutachten zu dem ausgewählten Paper anfertigen (dieses wird ebenfalls ca. 1 Seite umfassen). Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Die Teilnahme an allen Seminarvorträgen sowie die aktive Beteiligung in der Diskussion ist Voraussetzung für den Scheinerwerb.
Zeit | Ort | |
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12.04.21, 14:00 - 15:30 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Einführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht! |
21.04.21, 16:00 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Hinweise Paperlesen und Vorträge |
21.04.21, 17:00 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Hinweise Gutachtenerstellung |
21.05.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Handoutentwurf |
21.05.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Präsentationsentwurf |
04.06.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Gutachtenentwurf |
25.06.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Gutachten |
09.07.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Handout |
09.07.21 | per Email an Betreuer*in | Abgabe Präsentation |
13.-15.07.21 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Präsentationen der Seminararbeiten |
Tue July 13th 14:00 - 14:45 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Florian Köbbe |
Tue July 13th 14:45 - 15:30 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Philipp Ehler |
Tue July 13th 15:30 - 16:15 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Clemens Raddatz |
Tue July 13th 16:15 - 17:00 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Aymen Ben Aicha |
Wed July 14th 09:00 - 09:45 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Jonas Sitzmann |
Wed July 14th 09:45 - 10:30 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Falko Schmidt |
Wed July 14th 11:15 - 12:00 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Sakinah Arifin |
Thu July 15th 10:00 - 10:45 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Jana Haupt |
Thu July 15th 10:45 - 11:30 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Martin Shulevski |
Thu July 15th 11:30 - 12:15 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Marcel Gädke |
Thu July 15th 12:15 - 13:00 | online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na | Leon Kalix |
Seminarthemen
Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages, nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen. Nutzen Sie diese Möglichkeit und nehmen Sie bei Fragen oder Unsicherheiten Kontakt auf!
Thema | Betreuer | |
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1 | Cammarota, G. et al. Gut microbiome, big data and machine learning to promote precision medicine for cancer. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 17, 635–648 (2020) | Gihanna Galindez |
2 | Magnin, B. et al. Support vector machine-based classification of Alzheimer’s disease from whole-brain anatomical MRI. Neuroradiology 51, 73–83 (2009) | Lisa-Marie Bente |
3 | Mueller, A. J., Canty-Laird, E. G., Clegg, P. D. & Tew, S. R. Cross-species gene modules emerge from a systems biology approach to osteoarthritis. npj Syst. Biol. Appl. 3, 1–14 (2017) | Gihanna Galindez |
4 | Muldoon, J. J., Yu, J. S., Fassia, M. K. & Bagheri, N. Network inference performance complexity: A consequence of topological, experimental and algorithmic determinants. Bioinformatics 35, 3421–3432 (2019) | Gihanna Galindez |
5 | Nabirotchkin, S. et al. Next-generation drug repurposing using human genetics and network biology. Curr. Opin. Pharmacol. 51, 78–92 (2020) | Gihanna Galindez |
6 | Pratapa, A., Jalihal, A. P., Law, J. N., Bharadwaj, A. & Murali, T. M. Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data. Nat. Methods 17, 147–154 (2020) | Gihanna Galindez |
7 | Rueda, A. & Krishnan, S. Clustering Parkinson’s and Age-Related Voice Impairment Signal Features for Unsupervised Learning. Adv. Data Sci. Adapt. Anal. 10, 1840007 (2018) | Lisa-Marie Bente |
8 | Sheen, G. Wireless Brain Wave Classification for Alzheimer’s Patients via Efficient Neural Network Computation. Adv. Data Sci. Adapt. Anal. 10, 1850004 (2018) | Lisa-Marie Bente |
9 | Shen, J. & Gao, S. A Solution to Separation and Multicollinearity in Multiple Logistic Regression. J. Data Sci. 6, 515–531 (2008) | Lisa-Marie Bente |
10 | Yan, J., Risacher, S. L., Shen, L. & Saykin, A. J. Network approaches to systems biology analysis of complex disease: Integrative methods for multi-omics data. Brief. Bioinform. 19, 1370–1381 (2017) | Gihanna Galindez |
11 | Zhou, Y. et al. A network medicine approach to investigation and population-based validation of disease manifestations and drug repurposing for COVID-19. PLoS Biology vol. 18 (2020) | Gihanna Galindez |
Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen sind u.U. folgende Dokumente hilfreich:
- Anleitung Zitierweise kurz
- Anleitung Zitierweise ausführlich
- Hilfestellung für die Bewertung der wissenschaftlichen Qualität einer Arbeit - A Systematic Guide to Reviewing a Manuscript - Appendix 1
Recherche-Möglichkeiten
In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.
FAQ
- Frage: Wenn ich es nicht schaffe etwas zur ersten Abgabe abzugeben, falle ich dann durch?
Antwort: Formal sind Sie dann noch nicht durchgefallen. Aber die Abgabe geht natürlich in die Endnote ein und Ihr Betreuer kann Sie nur unterstützen, wenn Sie ihn lassen. Vortrag und Ausarbeitung profitieren i.d.R. merklich von der Rückmeldung des Betreuers. Es sollte daher unbedingt vermieden werden, die erste Abgabe zu verpassen. - Frage: Darf ich meinen Betreuer auch vor der Abgabe um Feedback bitten oder Fragen stellen?
Antwort: Ja, unbedingt! Die Ausarbeitungen und Vorträge profitieren davon üblicherweise sehr. Selbstständig zu arbeiten, heißt nicht, dass man den Betreuer nicht kontaktieren dürfte. - Im Fall einer Präsenzveranstaltung - Frage: Darf ich im Vortrag meinen eigenen Laptop verwenden?
Antwort: Ja, selbstverständlich. Unser Beamer hat Anschlusskabel für VGA und HDMI. Eventuell nötige Adapter etc. sind vom Student selbst mitzubringen. Ein Presenter (USB) ist vorhanden. Alle Vortragenden sind bitte mindestens 15 Minuten vor Beginn der Veranstaltung anwesend um spätestens dann die Technik zu testen! Wer auf Nummer sicher gehen will, hat natürlich die Möglichkeit auch schon an einem anderen Tag die Technik zu testen. - Frage: Wie wird meine Arbeit bewertet?
Antwort: Grundsätzlich gibt es keine feste Formel für die Bewertung, da dies nicht zielführend wäre. Der Vortrag ist die wichtigste Leistung. Ebenfalls berücksichtigt werden jedoch die Diskussionsbeteiligung bei den Vortragsveranstaltungen sowie Handout und Gutachten. Weiterhin achten wir auf eine selbständige Arbeitsweise. - Frage: Kann ich die Ausarbeitung auch auf Englisch schreiben und muss dann auch die Präsentation auf Englisch sein?
Antwort: Ja, kein Problem. Wir wollen Sie sogar sehr dazu ermutigen, sowohl Ihr Handout wie auch Ihren Vortrag in Englisch zu halten. Englisch ist die vorherrschende Wissenschaftssprache und Sie werden Ihre Arbeit später hauptsächlich in Englisch kommuniuzieren. Nutzen Sie die Gelegenheit dies jetzt schon zu üben. - Frage: In welcher Form, bis wann und bei wem muss die schriftliche Ausarbeitung abgegeben werden?
Antwort: Nutzen Sie bitte die in der Kick-Off Veranstaltung abgesprochene Möglichkeit zum Hochladen Ihrer Arbeit im Stud.IP. Sämtliche Abgaben haben bis zum Stichtag 23:59 CET zu erfolgen. - Frage: Darf ich Bilder aus meinem Paper in meine Ausarbeitung übernehmen?
Antwort: Ja, das sollten Sie sogar, sogern die Bilder passen. Ergänzen Sie auch gerne Abbildungen aus anderen Quellen. Korrekte Bildnachweise sind dabei natürlich Pflicht.