Seminar Data Science in Biomedicine BSc

Vorlesung

Seminar Data Science in Biomedicine (B.Sc.) SoSe 2021


Lehrveranstaltung:

Seminar Data Science in Biomedicine (B.Sc.) [4217063]

Dozent(in):

Prof. Dr. Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Stud.IP-Link

Seminar Data Science in Biomedicine (B.Sc.)

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: wird den Themen entsprechend aktualisiert bekanntgegeben



Organisatorisches

Ablauf

Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der biomedizinischen Datenwissenschaften vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Die Teilnahme an allen Seminarvorträgen sowie die aktive Beteiligung in der Diskussion ist Voraussetzung für den Scheinerwerb.

ZeitOrt
12.04.21, 14:00 - 15:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naEinführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht!
21.04.21, 16:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naHinweise Paperlesen und Vorträge
21.05.21per Email an Betreuer*inAbgabe Handoutentwurf
21.05.21per Email an Betreuer*inAbgabe Präsentationsentwurf
09.07.21per Email an Betreuer*inAbgabe Handout
09.07.21per Email an Betreuer*inAbgabe Präsentation
13.-15.07.21online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naPräsentationen der Seminararbeiten
Tue July 13th 14:00 - 14:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naFlorian Köbbe
Tue July 13th 14:45 - 15:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naPhilipp Ehler
Tue July 13th 15:30 - 16:15online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naClemens Raddatz
Tue July 13th 16:15 - 17:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naAymen Ben Aicha
Wed July 14th 09:00 - 09:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naJonas Sitzmann
Wed July 14th 09:45 - 10:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naFalko Schmidt
Wed July 14th 11:15 - 12:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naSakinah Arifin
Thu July 15th 10:00 - 10:45online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naJana Haupt
Thu July 15th 10:45 - 11:30online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naMartin Shulevski
Thu July 15th 11:30 - 12:15online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naMarcel Gädke
Thu July 15th 12:15 - 13:00online: https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2naLeon Kalixn

Seminarthemen

Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages, nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen. Nutzen Sie diese Möglichkeit und nehmen Sie bei Fragen oder Unsicherheiten Kontakt auf!

ThemaBetreuer
1Azencott, C.-A., Grimm, D., Sugiyama, M., Kawahara, Y. & Borgwardt, K. M. Efficient network-guided multi-locus association mapping with graph cuts. Bioinformatics 29, i171–i179 (2013)Tim Kacprowski
2Barlacchi, G., Perentis, C., Mehrotra, A., Musolesi, M. & Lepri, B. Are you getting sick? Predicting influenza-like symptoms using human mobility behaviors. EPJ Data Sci. 6, (2017)Lisa-Marie Bente
3Blumenthal, D. B. et al. EpiGEN: an epistasis simulation pipeline. Bioinformatics 2–4 (2020) doi:10.1093/bioinformatics/btaa245Tim Kacprowski
4Bryan, R. N. Machine learning applied to Alzheimer disease. Radiology 281, 665–668 (2016)Lisa-Marie Bente
5Coombes, B. J. & Biernacka, J. M. A principal component approach to improve association testing with polygenic risk scores. bioRxiv 847020 (2019) doi:10.1101/847020Tim Kacprowski
6Cowen, L., Ideker, T., Raphael, B. J. & Sharan, R. Network propagation: A universal amplifier of genetic associations. Nat. Rev. Genet. 18, 551–562 (2017)Gihanna Galindez
7Ferreira-Santos, D. & Rodrigues, P. P. A clinical risk matrix for obstructive sleep apnea using Bayesian network approaches. Int. J. Data Sci. Anal. 8, 339–349 (2019)Lisa-Marie Bente
8Halu, A., De Domenico, M., Arenas, A. & Sharma, A. The multiplex network of human diseases. npj Syst. Biol. Appl. 5, (2019)Gihanna Galindez
9Liu, A. et al. From expression footprints to causal pathways: contextualizing large signaling networks with CARNIVAL. npj Syst. Biol. Appl. 5, 1–10 (2019)Gihanna Galindez
10Petegrosso, R., Li, Z. & Kuang, R. Machine learning and statistical methods for clustering single-cell RNA-sequencing data. Brief. Bioinform. 21, 1209–1223 (2019)Gihanna Galindez
11Reece, A. G. & Danforth, C. M. Instagram photos reveal predictive markers of depression. EPJ Data Sci. 6, (2017)Lisa-Marie Bente

Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen sind u.U. folgende Dokumente hilfreich:

Recherche-Möglichkeiten

In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.

FAQ