Seminar Data Science in Biomedicine MSc

Organisatorisches

Organisation: Prof. Dr. Tim Kacprowski
max. Teilnehmerzahl: 10
Leistungspunkte: 5LP
Scheinerwerb: erfolgreicher Seminarvortrag, schriftliche Ausarbeitung (Handout und Gutachten), Teilnahme an allen Vortragsveranstaltungen
Anmeldung: Bitte auf die zentrale Seminarplatzvergabe achten!
Bitte prüfen Sie, ob Sie sich in Ihrem Prüfungsamt anmelden müssen. Ihre Anmeldung am Institut oder über das elektronische Anmeldeverfahren wird nicht automatisch an Ihr Prüfungsamt weitergeleitet. In einigen Studiengängen ist eine schriftliche Anmeldung der Seminarteilnahme beim Prüfungsamt erforderlich. Die verbindliche Anmeldung erfolgt in der Einführungsveranstaltung (Kick-Off). Eine Abmeldung ist danach nur noch bis zum XX.XX.XXXX möglich!

Ablauf

Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der biomedizinischen Datenwissenschaften vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Zusätzlich werden Sie sich in die Rolle eines Gutachters versetzen und ein Gutachten zu dem ausgewählten Paper anfertigen (dieses wird ebenfalls ca. 1 Seite umfassen). Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Die Teilnahme an allen Seminarvorträgen sowie die aktive Beteiligung in der Diskussion ist Voraussetzung für den Scheinerwerb.

Zeit	Ort

10.11.21 (Mi) 15:00 - 16:30	BRICS, Seminarräume EG	Einführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht!
TBD	TBD	Hinweise Paperlesen und Vorträge
TBD	TBD	Hinweise Gutachtenerstellung
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Handoutentwurf
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Präsentationsentwurf
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Gutachtenentwurf
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Gutachten
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Handout
TBD	per Email an Betreuer*in	Abgabe Präsentation
11.02.22 (Di) 11:00 - 15:15	https://webconf.tu-bs.de/tim-mzv-2na	Präsentationen der Seminararbeiten

Präsentationsplan

Zeitslot	Thema	Vortragende*r

11:00 - 11:45	Machine learning and structural analysis of Mycobacterium tuberculosis pan-genome identifies genetic signatures of antibiotic resistance.	Tobias Thie
11:45 - 12:30	Mutual anticipation can contribute to self-organization in human crowds.	Yusuf Sahin
13:00 - 13:45	Can Sex Improve Nasal Function?-An Exploration of the Link Between Sex and Nasal Function.	Awaz Mired
13:45 - 14:30	Obesity of politicians and corruption in post‐Soviet countries.	Mahije Sejdiu
14:30 - 15:15	Multimodal MRI-based classification of migraine: using deep learning convolutional neural network.	Samuel Gouret

Seminarthemen
Jedes Seminarthema wird von einer unserer wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen betreut. Diese Mitarbeiterin ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages, nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen. Nutzen Sie diese Möglichkeit und nehmen Sie bei Fragen oder Unsicherheiten Kontakt auf!

	Thema	Betreuer

1	Mehmood A, Maqsood M, Bashir M, Shuyuan Y. A Deep Siamese Convolution Neural Network for Multi-Class Classification of Alzheimer Disease. Brain Sci [Internet]. 2020 Feb 5;10(2). Available from: http://dx.doi.org/10.3390/brainsci10020084	Lisa-Marie Bente
2	Yang H, Zhang J, Liu Q, Wang Y. Multimodal MRI-based classification of migraine: using deep learning convolutional neural network. Biomed Eng Online. 2018 Oct 11;17(1):138.	Lisa-Marie Bente
3	Gomes LC, Galhoz A, Jain G, Roser A-E, Maass F, Carboni E, et al. Multi-omic landscaping of human midbrains identifies neuroinflammation as major disease mechanism in advanced-stage Parkinson’s disease. medRxiv [Internet]. 2021; Available from: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.08.21258527v1.abstract	Lisa-Marie Bente
4	Kavvas ES, Catoiu E, Mih N, Yurkovich JT, Seif Y, Dillon N, et al. Machine learning and structural analysis of Mycobacterium tuberculosis pan-genome identifies genetic signatures of antibiotic resistance. Nat Commun. 2018 Oct 17;9(1):4306.	Gihanna Galindez
5	Siahpirani AF, Knaack S, Chasman D, Seirup M. Dynamic regulatory module networks for inference of cell type-specific transcriptional networks. bioRxiv [Internet]. 2021; Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.18.210328.abstract	Gihanna Galindez
6	Rappoport N, Safra R, Shamir R. MONET: Multi-omic module discovery by omic selection. PLoS Comput Biol. 2020 Sep;16(9):e1008182.	Gihanna Galindez
7	Jin S, Zeng X, Fang J, Lin J, Chan SY, Erzurum SC, et al. A network-based approach to uncover microRNA-mediated disease comorbidities and potential pathobiological implications. NPJ Syst Biol Appl. 2019 Nov 13;5:41.	Gihanna Galindez

Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen sind u.U. folgende Dokumente hilfreich:

Recherche-Möglichkeiten

In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihre Betreuerin diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.

FAQ

Frage: Wenn ich es nicht schaffe etwas zur ersten Abgabe abzugeben, falle ich dann durch?
Antwort: Formal sind Sie dann noch nicht durchgefallen. Aber die Abgabe geht natürlich in die Endnote ein und Ihre Betreuerin kann Sie nur unterstützen, wenn Sie sie lassen. Vortrag und Ausarbeitung profitieren i.d.R. merklich von der Rückmeldung der Betreuerin. Es sollte daher unbedingt vermieden werden, die erste Abgabe zu verpassen.
Frage: Darf ich meine Betreuerin auch vor der Abgabe um Feedback bitten oder Fragen stellen?
Antwort: Ja, unbedingt! Die Ausarbeitungen und Vorträge profitieren davon üblicherweise sehr. Selbstständig zu arbeiten, heißt nicht, dass man die Betreuerin nicht kontaktieren dürfte.
Im Fall einer Präsenzveranstaltung - Frage: Darf ich im Vortrag meinen eigenen Laptop verwenden?
Antwort: Ja, selbstverständlich. Die technischen Möglichkeiten vor Ort klären Sie aber bitte im Vorhinein mit uns ab. Alle Vortragenden sind bitte mindestens 15 Minuten vor Beginn der Veranstaltung anwesend um spätestens dann die Technik zu testen! Wer auf Nummer sicher gehen will, hat natürlich die Möglichkeit auch schon an einem anderen Tag die Technik zu testen.
Frage: Wie wird meine Arbeit bewertet?
Antwort: Grundsätzlich gibt es keine feste Formel für die Bewertung, da dies nicht zielführend wäre. Der Vortrag ist die wichtigste Leistung. Ebenfalls berücksichtigt werden jedoch die Diskussionsbeteiligung bei den Vortragsveranstaltungen und das Handout. Weiterhin achten wir auf eine selbständige Arbeitsweise.
Frage: Kann ich die Ausarbeitung auch auf Englisch schreiben und muss dann auch die Präsentation auf Englisch sein?
Antwort: Ja, kein Problem. Wir wollen Sie sogar sehr dazu ermutigen, sowohl Ihr Handout wie auch Ihren Vortrag in Englisch zu halten. Englisch ist die vorherrschende Wissenschaftssprache und Sie werden Ihre Arbeit später hauptsächlich in Englisch kommunizieren. Nutzen Sie die Gelegenheit dies jetzt schon zu üben.
Frage: In welcher Form, bis wann und bei wem muss die schriftliche Ausarbeitung abgegeben werden?
Antwort: Nutzen Sie bitte die in der Kick-Off Veranstaltung abgesprochene Möglichkeit zum Hochladen Ihrer Arbeit im Stud.IP. Sämtliche Abgaben haben bis zum Stichtag 23:59 CET zu erfolgen.
Frage: Darf ich Bilder aus meinem Paper in meine Ausarbeitung übernehmen?
Antwort: Ja, das sollten Sie sogar, sogern die Bilder passen. Ergänzen Sie auch gerne Abbildungen aus anderen Quellen. Korrekte Bildnachweise sind dabei natürlich Pflicht.