Seminar Systemmedizin für Masterstudierende
Lecture
Seminar Systemmedizin für Masterstudierende WiSe 2020/21
Lehrveranstaltung: | Seminar Systemmedizin für Masterstudierende [4217053] |
|---|---|
Dozent(in): | Tim Kacprowski |
Typ der Lehrveranstaltung: | Seminar (Lehre) |
Veranstaltungstermine: | Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30 |
Erster Termin: | Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, Ort: (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h), |
Stud.IP-Link |
Inhalt:
Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.
Literatur: 1. Sadegh S, Matschinske J, Blumenthal DB, Galindez G, Kacprowski T, List M, et al. Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing. Nat Commun [Internet]. 2020 Dec;11(1):3518. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-17189-2
2. Larsen SJ, Schmidt HHHW, Baumbach J. De Novo and Supervised Endophenotyping Using Network-Guided Ensemble Learning. Syst Med [Internet]. 2020 Jan;3(1):8?21. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2019.0008
3. Wiwie C, Kuznetsova I, Mostafa A, Rauch A, Haakonsson A, Barrio-Hernandez I, et al. Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets. Syst Med [Internet]. 2019 May;2(1):1?9. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2018.0013
4. Aguirre-Plans J, Piñero J, Sanz F, Furlong LI, Fernandez-Fuentes N, Oliva B, et al. GUILDify v2.0: A Tool to Identify Molecular Networks Underlying Human Diseases, Their Comorbidities and Their Druggable Targets. J Mol Biol [Internet]. 2019 Jun;431(13):2477?84. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283619301172
5. Pai S, Hui S, Isserlin R, Shah MA, Kaka H, Bader GD. netDx: interpretable patient classification using integrated patient similarity networks. Mol Syst Biol [Internet]. 2019 Mar;15(3):1?11. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.15252/msb.20188497
6. Langhauser F, Casas AI, Dao V-T-V, Guney E, Menche J, Geuss E, et al. A diseasome cluster-based drug repurposing of soluble guanylate cyclase activators from smooth muscle relaxation to direct neuroprotection. npj Syst Biol Appl [Internet]. 2018 Dec;4(1):8. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41540-017-0039-7
7. Silberberg Y, Kupiec M, Sharan R. GLADIATOR: a global approach for elucidating disease modules. Genome Med [Internet]. 2017 Dec;9(1):48. Available from: http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0435-z
8. Ghiassian SD, Menche J, Chasman DI, Giulianini F, Wang R, Ricchiuto P, et al. Endophenotype Network Models: Common Core of Complex Diseases. Sci Rep [Internet]. 2016 Jun;6(1):27414. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/srep27414
9. Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al. Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome. Science (80- ) [Internet]. 2015 Feb;347(6224):1257601. Available from: https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.1257601
10. Ghiassian SD, Menche J, Barabási A. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome. Rzhetsky A, editor. PLOS Comput Biol [Internet]. 2015 Apr;11(4):e1004120. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1004120
11. Chmiel A, Klimek P, Thurner S. Spreading of diseases through comorbidity networks across life and gender. New J Phys [Internet]. 2014 Nov;16(11):115013. Available from: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/16/11/115013
Tutorial
Seminar Systemmedizin für Masterstudierende WiSe 2020/21
Lehrveranstaltung: | Seminar Systemmedizin für Masterstudierende [4217053] |
|---|---|
Dozent(in): | Tim Kacprowski |
Typ der Lehrveranstaltung: | Seminar (Lehre) |
Veranstaltungstermine: | Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30 |
Erster Termin: | Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, Ort: (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h), |
Stud.IP-Link |
Inhalt:
Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.
Literatur: 1. Sadegh S, Matschinske J, Blumenthal DB, Galindez G, Kacprowski T, List M, et al. Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing. Nat Commun [Internet]. 2020 Dec;11(1):3518. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-17189-2
2. Larsen SJ, Schmidt HHHW, Baumbach J. De Novo and Supervised Endophenotyping Using Network-Guided Ensemble Learning. Syst Med [Internet]. 2020 Jan;3(1):8?21. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2019.0008
3. Wiwie C, Kuznetsova I, Mostafa A, Rauch A, Haakonsson A, Barrio-Hernandez I, et al. Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets. Syst Med [Internet]. 2019 May;2(1):1?9. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/sysm.2018.0013
4. Aguirre-Plans J, Piñero J, Sanz F, Furlong LI, Fernandez-Fuentes N, Oliva B, et al. GUILDify v2.0: A Tool to Identify Molecular Networks Underlying Human Diseases, Their Comorbidities and Their Druggable Targets. J Mol Biol [Internet]. 2019 Jun;431(13):2477?84. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283619301172
5. Pai S, Hui S, Isserlin R, Shah MA, Kaka H, Bader GD. netDx: interpretable patient classification using integrated patient similarity networks. Mol Syst Biol [Internet]. 2019 Mar;15(3):1?11. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.15252/msb.20188497
6. Langhauser F, Casas AI, Dao V-T-V, Guney E, Menche J, Geuss E, et al. A diseasome cluster-based drug repurposing of soluble guanylate cyclase activators from smooth muscle relaxation to direct neuroprotection. npj Syst Biol Appl [Internet]. 2018 Dec;4(1):8. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41540-017-0039-7
7. Silberberg Y, Kupiec M, Sharan R. GLADIATOR: a global approach for elucidating disease modules. Genome Med [Internet]. 2017 Dec;9(1):48. Available from: http://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0435-z
8. Ghiassian SD, Menche J, Chasman DI, Giulianini F, Wang R, Ricchiuto P, et al. Endophenotype Network Models: Common Core of Complex Diseases. Sci Rep [Internet]. 2016 Jun;6(1):27414. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/srep27414
9. Menche J, Sharma A, Kitsak M, Ghiassian SD, Vidal M, Loscalzo J, et al. Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome. Science (80- ) [Internet]. 2015 Feb;347(6224):1257601. Available from: https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.1257601
10. Ghiassian SD, Menche J, Barabási A. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome. Rzhetsky A, editor. PLOS Comput Biol [Internet]. 2015 Apr;11(4):e1004120. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1004120
11. Chmiel A, Klimek P, Thurner S. Spreading of diseases through comorbidity networks across life and gender. New J Phys [Internet]. 2014 Nov;16(11):115013. Available from: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1367-2630/16/11/115013
Organisatorisches
- Organisation: Prof. Dr. Tim Kacprowski
- max. Teilnehmerzahl: 11
- Leistungspunkte: 5LP
- Scheinerwerb: erfolgreicher Seminarvortrag, schriftliche Ausarbeitung, Teilnahme an allen Vortragsveranstaltungen
- Anmeldung: Bitte auf die allgemeine Seminarplatzvergabe achten! (09.07. bis 30.07.2020 im Stud.IP)
- Bitte prüfen Sie, ob Sie sich in Ihrem Prüfungsamt anmelden müssen. Ihre Anmeldung am Institut oder über das elektronische Anmeldeverfahren wird nicht automatisch an Ihr Prüfungsamt weitergeleitet. In einigen Studiengängen ist eine schriftliche Anmeldung der Seminarteilnahme beim Prüfungsamt erforderlich. Die verbindliche Anmeldung erfolgt in der Einführungsveranstaltung (Kick-Off). Eine Abmeldung ist danach nur noch bis zum 02.11.2020 möglich!
Ablauf
Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der Systemmedizin vorstellen und kritisch diskutieren. Zu diesem Zweck erstellen Sie zunächst ein 1-2 Seiten umfassendes schriftliches Gutachten des Papers. Sie haben die Möglichkeit ihre Arbeit weiterhin zu verbessern, insbesondere unter Berücksichtigung des Feedbacks durch den Betreuer. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Damit auch eine Diskussion entstehen kann, ist die Teilnahme an allen Seminarvorträgen Voraussetzung für den Scheinerwerb.
| Zeit | Ort | |
|---|---|---|
| 22.10.2020 at 14:00 Uhr | online:https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h | Einführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht! |
| 17.11.2020 15:00 | online | Erklärung zur Erstellung des Gutachtens |
| 15.01.2021 | Abgabe Handoutentwurf | |
| 15.01.2021 | Abgabe Präsentationsentwurf | |
| 01.02.2021 | Abgabe Handout | |
| 01.02.2021 | Abgabe Gutachten | |
| 05.02.2021 14:00 | online | Präsentationen der Seminararbeiten |
Seminarthemen
Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages. Nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen! Die Themen sind bei den Stud.IP Angaben als Literatur gelistet.
Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen helfen Ihnen die folgenden Dokumente:
- Powerpoint-Vorlage PLRI-Design
- Anleitung Zitierweise kurz
- Anleitung Zitierweise ausführlich
- Hilfestellung für die Bewertung der wissenschaftlichen Qualität einer Arbeit - A Systematic Guide to Reviewing a Manuscript - Appendix 1
Gerne können Sie eigene Vorlagen für Ihre schriftliche Ausarbeitung und Ihren Vortrag verwenden. Beachten Sie aber in jedem Fall die formalen Anforderungen, die in der Anleitung zum Erstellen wissenschaftlicher Arbeiten zu finden sind.
Recherche-Möglichkeiten
In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.
FAQ
- Frage: Wenn ich es nicht schaffe etwas zur ersten Abgabe abzugeben, falle ich dann durch?
Antwort: Formal sind Sie dann noch nicht durchgefallen. Aber die Abgabe geht natürlich in die Endnote ein und Ihr Betreuer kann Sie nur unterstützen, wenn Sie ihn lassen. Vortrag und Ausarbeitung profitieren i.d.R. merklich von der Rückmeldung des Betreuers. Es sollte daher unbedingt vermieden werden, die erste Abgabe zu verpassen. - Frage: Darf ich meinen Betreuer auch vor der Abgabe um Feedback bitten oder Fragen stellen?
Antwort: Ja, unbedingt! Die Ausarbeitungen und Vorträge profitieren davon üblicherweise sehr. Selbstständig zu arbeiten, heißt nicht, dass man den Betreuer nicht kontaktieren dürfte. - Frage: Darf ich im Vortrag meinen eigenen Laptop verwenden?
Antwort: Ja, selbstverständlich. Unser Beamer hat Anschlusskabel für VGA und HDMI. Eventuell nötige Adapter etc. sind vom Student selbst mitzubringen. Ein Presenter (USB) ist vorhanden. Alle Vortragenden sind bitte mindestens 15 Minuten vor Beginn der Veranstaltung anwesend um spätestens dann die Technik zu testen! Wer auf Nummer sicher gehen will, hat natürlich die Möglichkeit auch schon an einem anderen Tag die Technik zu testen. - Frage: Wie wird meine Arbeit bewertet?
Antwort: Grundsätzlich gibt es keine feste Formel für die Bewertung, da dies nicht zielführend wäre. Der Vortrag ist die wichtigste Leistung, gefolgt von den Ausarbeitungen. Die Diskussionsbeteiligung bei den Vortragsveranstaltungen und Endabgabe (Verbesserungschance) werden ebenfalls berücksichtigt. Weiterhin achten wir auf eine selbständige Arbeitsweise. Um Ihnen eine bessere Vorstellung davon zu vermitteln, worauf bei der Bewertung einer Seminararbeit geachtet wird, haben wir Anhaltspunkte für die Bewertung in einer Liste zusammengestellt. - Frage: Kann ich die Ausarbeitung auch auf Englisch schreiben und muss dann auch die Präsentation auf Englisch sein?
Antwort: Ja, kein Problem (sprich aber bitte vorher mit deinem Betreuer). Die Sprache der Ausarbeitungen und der Präsentation sollten übereinstimmen. - Frage: In welcher Form, bis wann und bei wem muss die schriftliche Ausarbeitung abgegeben werden?
Antwort: Das Gutachten wird elektronisch abgegeben. Nutzen Sie bitte die in der Kick-Off Veranstaltung abgesprochene Möglichkeit zum Hochladen Ihrer Arbeit im Stud.IP. Gleiches gilt für den Entwurf und das finale Handout. Sämtliche Abgaben haben bis zum Stichtag 23:59 CET zu erfolgen. - Frage: Darf ich Bilder aus meinem Paper in meine Ausarbeitung übernehmen?
Antwort: Ja. Sinnvolle Abbildungen in die Ausarbeitung und später auch die Präsentation zu übernehmen, ist natürlich erlaubt. Korrekte Bildnachweise sind dabei natürlich Pflicht.