Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende

Lecture

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende WiSe 2020/21


Lehrveranstaltung:

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende [4217052]

Dozent(in):

Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30

Erster Termin:

Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h)

Stud.IP-Link

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: 1. Pearson TA. How to Interpret a Genome-wide Association Study. JAMA [Internet]. 2008 Mar 19;299(11):1335. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18349094

2. Blumenthal DB, Viola L, List M, Baumbach J, Tieri P, Kacprowski T. EpiGEN: an epistasis simulation pipeline. Schwartz R, editor. Bioinformatics [Internet]. 2020 Apr 14;2?4. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa245/5820008

3. Coombes BJ, Biernacka JM. A principal component approach to improve association testing with polygenic risk scores. bioRxiv [Internet]. 2019;(May):847020. Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/847020v1.abstract?%3Fcollection=

4. Xue H, Wu C, Pan W. Leveraging existing GWAS summary data of genetically correlated and uncorrelated traits to improve power for a new GWAS. Genet Epidemiol [Internet]. 2020 Jul 16;(November 2019):gepi.22333. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/gepi.22333

5. Ellinghaus D, Degenhardt F, Bujanda L, Buti M, Albillos A, Invernizzi P, et al. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N Engl J Med [Internet]. 2020 Jun 17;NEJMoa2020283. Available from: http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2020283

6. Azencott C-A, Grimm D, Sugiyama M, Kawahara Y, Borgwardt KM. Efficient network-guided multi-locus association mapping with graph cuts. Bioinformatics [Internet]. 2013 Jul;29(13):i171?9. Available from: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/doi/10.1093/bioinformatics/btt238

7. Lancour D, Naj A, Mayeux R, Haines JL, Pericak-Vance MA, Schellenberg GD, et al. One for all and all for One: Improving replication of genetic studies through network diffusion. Barsh GS, editor. PLOS Genet [Internet]. 2018 Apr 23;14(4):e1007306. Available from: http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007306

8. Yilmaz S, Tastan O, Cicek AE. SPADIS: An Algorithm for Selecting Predictive and Diverse SNPs in GWAS. bioRxiv [Internet]. 2018;256677. Available from: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/26/256677

9. Arnold M, Hartsperger ML, Baurecht H, Rodríguez E, Wachinger B, Franke A, et al. Network-based SNP meta-analysis identifies joint and disjoint genetic features across common human diseases. BMC Genomics [Internet]. 2012 Jan;13(1):490. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3782362

10. Llinares-López F, Papaxanthos L, Bodenham D, Roqueiro D, Borgwardt K. Genome-wide genetic heterogeneity discovery with categorical covariates. Kelso J, editor. Bioinformatics [Internet]. 2017 Jun 15;33(12):1820?8. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/12/1820/2995817

11. Moore JH, Asselbergs FW, Williams SM. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies. Bioinformatics [Internet]. 2010 Feb 15;26(4):445?55. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2820680



Tutorial

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende WiSe 2020/21


Lehrveranstaltung:

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende [4217052]

Dozent(in):

Tim Kacprowski

Typ der Lehrveranstaltung:

Seminar (Lehre)

Veranstaltungstermine:

Do. 14:00 - 15:30 (wöchentlich) - Hauptveranst., Termine am Donnerstag. 22.10.20 14:00 - 15:30

Erster Termin:

Do., 22.10.2020 14:00 - 15:30, (https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72h)

Stud.IP-Link

Seminar Genetische Epidemiologie für Bachelorstudierende

Inhalt:

Die Themen des Seminars werden zu jedem Semester aktualisiert.

Literatur: 1. Pearson TA. How to Interpret a Genome-wide Association Study. JAMA [Internet]. 2008 Mar 19;299(11):1335. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18349094

2. Blumenthal DB, Viola L, List M, Baumbach J, Tieri P, Kacprowski T. EpiGEN: an epistasis simulation pipeline. Schwartz R, editor. Bioinformatics [Internet]. 2020 Apr 14;2?4. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa245/5820008

3. Coombes BJ, Biernacka JM. A principal component approach to improve association testing with polygenic risk scores. bioRxiv [Internet]. 2019;(May):847020. Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/847020v1.abstract?%3Fcollection=

4. Xue H, Wu C, Pan W. Leveraging existing GWAS summary data of genetically correlated and uncorrelated traits to improve power for a new GWAS. Genet Epidemiol [Internet]. 2020 Jul 16;(November 2019):gepi.22333. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/gepi.22333

5. Ellinghaus D, Degenhardt F, Bujanda L, Buti M, Albillos A, Invernizzi P, et al. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N Engl J Med [Internet]. 2020 Jun 17;NEJMoa2020283. Available from: http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2020283

6. Azencott C-A, Grimm D, Sugiyama M, Kawahara Y, Borgwardt KM. Efficient network-guided multi-locus association mapping with graph cuts. Bioinformatics [Internet]. 2013 Jul;29(13):i171?9. Available from: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/doi/10.1093/bioinformatics/btt238

7. Lancour D, Naj A, Mayeux R, Haines JL, Pericak-Vance MA, Schellenberg GD, et al. One for all and all for One: Improving replication of genetic studies through network diffusion. Barsh GS, editor. PLOS Genet [Internet]. 2018 Apr 23;14(4):e1007306. Available from: http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007306

8. Yilmaz S, Tastan O, Cicek AE. SPADIS: An Algorithm for Selecting Predictive and Diverse SNPs in GWAS. bioRxiv [Internet]. 2018;256677. Available from: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/26/256677

9. Arnold M, Hartsperger ML, Baurecht H, Rodríguez E, Wachinger B, Franke A, et al. Network-based SNP meta-analysis identifies joint and disjoint genetic features across common human diseases. BMC Genomics [Internet]. 2012 Jan;13(1):490. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3782362

10. Llinares-López F, Papaxanthos L, Bodenham D, Roqueiro D, Borgwardt K. Genome-wide genetic heterogeneity discovery with categorical covariates. Kelso J, editor. Bioinformatics [Internet]. 2017 Jun 15;33(12):1820?8. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/12/1820/2995817

11. Moore JH, Asselbergs FW, Williams SM. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies. Bioinformatics [Internet]. 2010 Feb 15;26(4):445?55. Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2820680



Organisatorisches

Ablauf

Im Rahmen dieses Seminars sollen Sie ein wissenschaftliches Paper zu einem ausgewählten Thema der genetischen Epidemiologie vorstellen und kritisch diskutieren. Später stellen Sie Ihre Arbeit in einem 30 minütigen Vortrag vor, zu dem Sie auch ein 1-2 seitiges Handout vorbereiten. An Ihren Vortrag schließen sich ca. 10-15 Minuten Diskussion an. Die Noten gibt es dann wenige Wochen nach der Endabgabe. Damit auch eine Diskussion entstehen kann, ist die Teilnahme an allen Seminarvorträgen Voraussetzung für den Scheinerwerb.

ZeitOrt
22.10.2020 at 14:00 Uhronline:https://webconf.tu-bs.de/mos-kp7-72hEinführungsveranstaltung mit Themenvergabe und verbindlicher Anmeldung. Für Seminarteilnehmer besteht Anwesenheitspflicht!
15.01.2021Abgabe Handoutentwurf
15.01.2021Abgabe Präsentationsentwurf
01.02.2021Abgabe Handout
05.02.2021 14:00onlinePräsentationen der Seminararbeiten

Seminarthemen

Jedes Seminarthema wird von einem unserer wissenschaftlichen Mitarbeiter betreut. Dieser Mitarbeiter ist Ihr Ansprechpartner bei inhaltlichen und formalen Fragen während der Erstellung der Ausarbeitung und des Vortrages. Nicht nur zu den verpflichtenden Abgabeterminen! Die Themen sind bei den Stud.IP Angaben als Literatur gelistet.

Bei der Vorbereitung und Erstellung Ihrer Ausarbeitungen helfen Ihnen die folgenden Dokumente:

Gerne können Sie eigene Vorlagen für Ihre schriftliche Ausarbeitung und Ihren Vortrag verwenden. Beachten Sie aber in jedem Fall die formalen Anforderungen, die in der Anleitung zum Erstellen wissenschaftlicher Arbeiten zu finden sind.

Recherche-Möglichkeiten

In den unten angegebenen Datenbanken können Sie nach weiterführender wissenschaftlicher Literatur zu Ihrem Thema suchen. Sollten Sie einige interessante Artikel finden, auf die Sie jedoch keinen Zugriff haben, kann Ihnen unter Umständen die Universitätsbibliothek bzw. Ihr Betreuer diesbezüglich weiterhelfen. Gerne können Sie auch unsere Institutsbibliothek nutzen.

FAQ